Una desventaja importante de las claraboyas en casa puede ser su influencia en el consumo de energía de un hogar. Durante los meses de verano, la ganancia de calor solar a través de la claraboya puede obligarle a que vuelva a ajustar el termostato del aire acondicionado para compensar, elevando las facturas de energía. Durante el invierno, el aire frío, la nieve y el hielo en una claraboya pueden asimismo obligarle a utilizar más energía de calefacción. La condensación que se forma en el interior de una claraboya también puede ser un problema en invierno. La limpieza y quitar el polvo de claraboyas altas puede ser un problema. Algunos plumeros con mangos largos se pueden usar para limpiar la superficie de una claraboya, pero la limpieza a menudo requiere el uso de una escalera. La mayoría de los tragaluces no están equipados con revestimientos o tratamientos de la ventana, por lo que el polvo puede acumularse rápidamente. La intensa luz del sol también puede causar la decoloración de los muebles expuestos. El control de las claraboyas de luz y calor proporcional puede llegar a ser un problema, sobre todo los días de verano cálidos.