Ya desde el acondicionamiento, el quirófano debe disponer de unas barreras arquitectónicas específicas para mantenerlo aislado del resto de estancias y del exterior. A las puertas del quirófano, se debe disponer de carteles que informen correctamente de la prohibición de acceso al personal ajeno a las cirugías. Además de estar aislado del ruido, una estancia quirúrgica debe contar con un sistema de climatización aislado del exterior. Las paredes deben ser lisas para que se puedan lavar y limpiar fácilmente y las tomas de agua deben ser independientes y contar con filtros especiales. Las puertas de los quirófanos deben permanecer siempre cerradas y, para abrirlas, debe poder hacerse suavemente para que no haya corrientes de aire y deben abrirse y cerrarse silenciosamente. Lo más habitual es que se instalen puertas oscilobatientes.
Para evitar la proliferación de bacterias, es muy importante mantener el quirófano a temperaturas a una temperatura aproximada a los 21ºC (-1ºC y +3ºC) y con una humedad relativa ambiental de 50%. También debe estar provisto de un sistema de presión positiva, de manera que el movimiento de aire se produzca de la zona más limpia a la menos limpia (de dentro hacia fuera).
Lavado de manos: Los cirujanos y el personal médico deben lavarse las manos de manera meticulosa utilizando un jabón antiséptico especial y agua tibia durante al menos dos minutos. Ropa estéril: Los cirujanos se colocan ropa quirúrgica estéril, que puede incluir batas, guantes, gorros, mascarillas y calzado. Preparación de la piel del cirujano: Antes de ponerse los guantes, el cirujano puede aplicar en sus manos y antebrazos una solución antiséptica de yodo o clorhexidina para eliminar los gérmenes de la piel. Cubrimiento de áreas no estériles: Se cubren áreas del cuerpo que no serán parte del campo quirúrgico con sábanas quirúrgicas estériles, incluyendo áreas como los brazos y la cabeza del paciente. Preparación del equipo quirúrgico: Todo el equipo que entre en contacto con el paciente durante la operación debe estar esterilizado. Mantenimiento de un campo estéril: Durante la cirugía, es esencial que el área alrededor de la intervención se mantenga libre de gérmenes. Los cirujanos y el personal sanitario deben extremar las precauciones para no contaminar el campo quirúrgico.